会社員ですマイナンバー通知カードのコピーを会社に提出するのですが、

会社員です
マイナンバー通知カードのコピーを会社に提出するのですが、
同時に顔写真付きの本人確認資料（運転免許または健康保険証+年金手帳のコピー）を
提出するよう言われました
顔写真付きの本人確認資料まで、必要なのでしょうか？
何故必要なのか、何に使うのか教えてください

マイナンバーの利用者と実際の本人の照合のためですね
なりすまし回避です

個人に対しての番号通知と申請書の封筒は住民票に記載のある場所に書留で配達されます
ただし転居等で世帯主が住んでいない場合は家族全員分の配達はありません
当初の予定より印刷完了時期が遅くなり配達は12月に入ってからも行われることが公表されました
法人に対しての番号通知は予定通りに進んでいます
マイナンバーカード申請書類は郵便局が12月にかけ配達（転送不要
http://yubin.2-d.jp/y7/10.html
マイナンバー(個人番号)配達状況とすぐに欲しい入手方法
http://yamato.tank.jp/my/3337.html
マイナンバーと法人番号がリンクされ税務署収入把握。法人マイナンバー検索
http://yamato.tank.jp/hojin-mynumber/

マイナンバーの持主の本人確認のためでしょう
ナンバーだけでは提出した方は本当の持主かどうか解らないです
本人確認資料に関してはコピーは拒否できます
目視確認で済まして貰っては

それは本人確認をしたという証拠が必要だからです。
これらの資料で確認した証拠としてコピーを保管するのです。

今回のマイナンバーで、会社に本人確認資料を提出することは
法律では義務付けられてはいません
しかしながら、法律では出す必要がないからと言って
会社の要請を断ってもいいというものでもありません
会社には会社の方針がありますので
正当な理由なく拒めば何らかの処分を受けることになるかもしれません
何に使うのかは会社に確認しないとわかりません

会社ごとに方針が違うと思いますので、詳細は会社に確認されたほうがいいでしょう。
当面は『平成28年度分 給与所得者の扶養者控除等（異動）申告書』にマイナンバーを記入する欄がありますのでそれに必要なだけですし、それも本人が記入すればいいだけです。
私の会社では、会社として極力従業員やその家族のマイナンバーには関わらない、必要な場合も最小限に留め会社がマイナンバーを記録したり保管したりしない方針を決めています。
ちなみに、本年度の年末調整（平成27年度分 給与所得者の保険料控除申告 兼 給与所得者の配偶者特別控除申告）ではマイナンバーは不要なようです。

ん～。
マイナンバーだけ出しても顔が判らなければ意味がないからではないですかね？
他人が違う人のマイナンバーを使うかも知れないですからね。