運転免許の経由地更新をしたいのですが、住所地（東京都）の収入証紙が

運転免許の経由地更新をしたいのですが、住所地 （ 東京都 ） の収入証紙が必要とのことです。
東京都は収入証紙を廃止しているので、代わりとして 「 免許証更新手数料納入済通知書 」 が必要になりますが、これを受け取れる機関としては、試験場・指定警察署・免許更新センターとのことですけども、何時までに受付しなければならないとかあるのでしょうか?
また、埼玉県・千葉県で経由内更新をする際には申請用写真を持っていく必要がありますが、この持参した写真が直接免許写真になるのでしょうか?

東京都民の人が他の道府県で経由地更新を行う場合については、
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/menkyo/kousin/kousin09.htm
（もう御覧になったかもしれませんが）
に詳しく書かれています。受付の時間については特に書かれていませんから、窓口業務を行っている時間内830～1600までかと思います。
申請用写真は、申請書にはるものだと思います。免許証の写真は当日に試験場の機材で撮ると思います。
それとは別に持参した写真を免許証に使う、ということであれば、埼玉県警察のHPんいは特になにも書かれていませんでした。

「運転免許の経由地更新をしたいのですが」・・・何を頓珍漢な質問しているの？
経由地？・・・ドライブの立ち寄り先じゃ有るまいし、経由地なんて無いよ！
都道府県が違う処で免許更新したいなら、先に住所変更して免許の更新時に住所変更も同時に行え！
更新手続きの免許センター等に問い合わせして、必要な物を準備して行く事！