去年の12月に原付の免許を取って今年の夏前に点数が3点以上になっ

去年の12月に原付の免許を取って今年の夏前に点数が3点以上になってしまって初心者講習を受けたんですけど、普通だったら免許取得から1年たてば違反点数が消えると思うんですけど初心者講習を受けた場合、受けた日か
ら1年たたなきゃ違反点数は消えないんですか？

原付免許、普通自動車免許、普通二輪免許、大型二輪免許の4種類は
通常の違反点数制度と並行して、
取得後1年間は初心運転者での点数制度の対象にもります。
あなたの場合は初心運転者講習を受けたことによって
初心運転者制度の3点は消えましたが、
通常の違反点数制度としての3点は消えていません。
この点数が消えるのは最終違反から無違反で1年経過後です。
教習所で使った教本にもこの点数制度について詳しく書かれていたはずなので
もう一度読み返してください。

点数は最終違反日翌日から１年間無事故無違反で経過した場合は累積０点になる。

初心運転者講習とは別。
今年の夏前に3点以上になって、それからずっと無事故無違反なら、
来年の夏前には累積ゼロに戻ります。