運転免許証の突合番号制度があると聞きました。取消免許から欠格期間

運転免許証の突合番号制度があると聞きました。取消免許から欠格期間が終わり免許番号が新しくなった運転免許証を再取得しても違反歴は引き継がれるということですか？

当然です。再取得で累積点数はゼロですが、処分前歴回数は取消前の前歴回数プラス1でスタートです。
ちなみに、更新時の講習の振り分けも取消から再取得までの間や免停期間は除外してカウントします。

そういうことです。
もし引継ぎをしたくないという事であれば、免許を返納して名前を変える。
これで綺麗なまっさらな免許記録が生まれます。