教習所卒業証明書についてすでに自動車の免許を持っていて、新たに普通二

教習所卒業証明書について
すでに自動車の免許を持っていて、新たに普通二輪の教習を受け卒業証明書をもらいました。
質問なのですが、この証明書の有効期限は１年間ということなんでしょうか
？

そうです。発行日（卒業）から1ヶ年です。
早めに時間をつくって、試験場で併記をして下さい。1年過ぎたら、パアですよ。

卒業証明書の有効期限は1年間です。それまでに問題がなければすぐにでも普通二輪免許の併記手続をされると良いかと思います。
もしもの話ですが、例えばあと1ヵ月経てば5年間無事故無違反経過でゴールド免許に出来る場合、証明書の有効期限が1年間ですから、普通二輪の併記を1ヵ月先にずらして併記するという事が出来ます。
今併記するとブルー免許で次の更新まで3年、または5年ゴールド免許になるのを待たなければならないという事態が発生ししたりします。
ずらして併記するとゴールド免許になるという調整が出来たりしますので、このタイミングなら併記はすぐにせずに5年間無事故無違反の経過を待って併記されると宜しいかと思います。

その通り1年です。
学科試験があるわけではないので
さっさといってしまった方がよいですよ。

ご質問通りです。
卒業証明書の有効期限は１年間で、その間に試験場で併記手続きしちゃいましょう。