初心運転者期間に50km以上の速度違反をしてしまったのですがその場合

初心運転者期間に
50km以上の速度違反をしてしまったのですが
その場合どのような処罰が課せられるのでしょうか？

死刑です。
というのは冗談ですが…初心者でも運転歴30年でも、50km以上の速度超過は、12点の違反です。
違反した時点で、免停などの行政処分歴（いわゆる前歴）が0回であれば、90日の免許停止処分に該当します。これは行政処分の範疇です、
刑事処分については、罰金となることがほとんどですけど、一応は「裁判所」で決まります。
速度超過は、「3ヶ月以下の懲役もしくは10万円以下の罰金」となってます。よって、10万円を超えることはありませんが、8～9万円は覚悟しておきましょう。
初心者期間であるので、「初心運転者講習」の通知が来ます。初心者特例の対象となると、免許取得から1年そ経過した頃に「再試験」の通知が来ます。ですが、
この「初心運転者講習」を受ければ「再試験」は免除されます。
もしも、この講習を受けなかった（特別な理由もなく受けられなかったときも）場合、当然「再試験」となります。合格率は10％弱ともいわれております。不合格の時は、初心者該当の免許が取消処分になります。

行政処分として50kmオーバーの速度超過違反は違反点数12点で、90日免停の対象です。90日免停以上の場合は意見の聴取があります。
意見の聴取を出席するか欠席するかは任意です。欠席すれば90日の免停処分が確定します。(免停講習を受講すれば最大45日の短縮可能。)
意見の聴取を出席された場合、意見の聴取で反省する姿勢を見せて聴聞官に認められると90日免停が60日免停に軽減される事があります。ただ、速度超過でも50km以上のオーバーは悪質ですから、軽減されるかは微妙です。(60日の免停に軽減された場合でも免停講習を受講出来て、さらに最大30日の短縮が可能です。)
また、初心運転者期間ですから、初心者講習の通知が届きます。通知書が届いたら指定日、講習場所が記載されていますから、指定日に初心者講習を受講されると宜しいかと思います。
初心者講習を受講すれば、再試験は回避されますが再度初心運転者期間に初心者対象の点数に達した場合は初心者講習とはならず、再試験の対象となります。
再試験の対象となれば、初心運転者期間終了後に再試験通知が届きます。期限内に再試験を受験して合格すれば免許を維持出来ますが、不合格、または不受験の場合は初心者該当の免許が取り消されます。
再試験は90％が落ちる試験と言われてますから、免許を維持したいのであれば初心者講習を受講される事をおすすめします。

また、刑事処分は質問者さんが成年者の場合、先の回答にもある様に10万円以下の罰金で、略式裁判により罰金額が決まります。(5万円～Max10万円。)50km以上のオーバーであればMax10万円は準備しておいた方が良いですね。
もし、未成年者である場合は家庭裁判所にて処分が決まります。初犯であれば保護観察処分になるかと思われます。未成年者の場合は罰金はありません。(ただし、未成年者でも社会に出ていて、一定の収入があれば罰金が課される場合があります。)

こちらを。
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/torishimari/gyosei/seido/tensu.html
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/torishimari/gyosei/seido/gyosei20.html
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/koshu/koshu/koshu06.html
まず、50km/h以上の超過は点数12点で免停90日 罰金10万円以下
更に、初心者期間でなので、初心運転者講習の対象。
受けなければ、免許取得1年後に再試験。
講習を受けて、残りの初心者期間の違反点数が3点以下なら、他にお咎めなし。
講習を受けても残り期間に4点以上の違反をすれば再試験。
なお、一般に再試験の合格率は非常に低いと言われていますので、
講習を受け、初心者期間終了まで、十分に注意することは必要です。

違反点数１２点と、罰金が来ますね。
あと、違反者講習も受けなければなりません。
免停もあるが、何日だったかは忘れた。

免許停止90日と裁判所で罰金額が決められます。 40キロ以上の違反は、反則金ではなく罰金となります。通称赤切符といいます。