大型バイクと中型バイクの見分け方ってありますか？？タイヤの太

大型バイクと中型バイクの見分け方ってありますか？？
タイヤの太さとか車体の大きさとか･･･
車体に書いてある数字以外で、
Ninja400は車体が大きいんですか？

あなたが言う「大型バイクと中型バイク」が400ccまでとそれを超えるバイクを意味するなら、区別する方法はありません。
軽二輪（125ccを超え250ccまで。車検はない）と、小型二輪（250ccを超えるバイク。車検あり）の区別は出来ます。
軽二輪は陸運支局名（品川とか練馬とか）の前に数字が付きます。
多くは1ですが、最近は地域によっては2も出てきました。
小型二輪はナンバープレートに車検のステッカーが貼ってあり、4桁の大きい数字以外の数字はありません。（陸運支局名＋ひらがな＋4桁の数字）
また、ナンバープレート自体に、緑色の枠があります。
排気量400ccで区切りがあるのは、道路交通法による免許の区分です。
しかし、車両の区分は道路運送車両法という法律で、250ccを超えるバイクには一律であり、400ccでの区別はありません。
なので、誰でもわかるような外見での区別方法はなく、商品知識としてあのバイクは何ccと知っていないとわかりません。
余談ですが、その昔408ccの排気量のバイクが発売されていて、その後法改正により400ccで区分が出来たため、わずか8ccのために今で言う大型二輪免許（当時は自動二輪免許の限定なし）が必要な車種がありました。
特殊な例と言えるでしょうが、大きさという意味での外見では、400ccのバイクと区別は付かないですね。

車検証を確認する、くらいです。
４０１CC以上は、ナンバーを変えたら、良いと思います。
２５１CC以上は同じです。

エンジンのシリンダーブロックの排気量見るしかありません

ありません。
排気量が書いてあるのを見て判断するしかね。
CB400とNC750は同じくらいにしか見えませんし、SR400とSR500なんて見た目じゃ分かりませんよ。

あるとしたらクラッチがワイヤー式か油圧式
タコメーターの回転数
辺りですね。

車体の大きさでは判別し難いですよ。大型でもスーパースポーツ車はコンパクトに作られてますから、これ400cc？ってきかれます。
強いて言えばサイレンサーのパイプ部分の太さですかね。特に出口。
ニンジャ400は大きい方です。