免許を取ってから1年以内で違反を３回しました。１回目は5点、

免許を取ってから1年以内で違反を３回しました。１回目は5点、２回目は2点、３回目は5点でした。初心者講習も30日免停の講習も受けました。２回目の後通知が来て免許停止の講習を受け前歴1の点
数が0になりました。しかし累積12点です。これは免停60日ですか？それとも90日ですか？また免許取り消しですか？

1回目の5点（5点という違反行為はないので…）は、おそらく人身事故ですね？（5点の内訳は、事故の原因となった違反行為の点数と付加点数）
だとすると、この時点で「初心運転者講習」の通知がきて、その講習を受けたということになろうかと思います。
2回目の2点の違反で、累積点数が7点ですから、30日の免停処分の通知がきたと思います。
30日免許を預けても、短期免停講習を受けても、処分が終わった時点で、「前歴1回・累積0点」という状態になります。
3回目の違反も5点ということは、やはり人身事故でしょう。この時点で「前歴1回・累積5点」ですから、60日の免停処分です。
さらにここで2回目の初心者特例の対象ですから、再試験になります。
再試験は、合格率が10％程度と言われていますので、高確率で不合格となり免許取消処分となります。

2回目の違反をした時点で、累積7点。
30日の免停で、講習を受けても前歴1回です。
前歴1回の状態で5点の違反ですから、
この時点で60日の免停となります。
更に、質問者さんは初心運転期間中で初心運転者講習を受けた後、
再度3点以上の違反をしてますから、免許取得後1年を経過した時点で
再試験となります。
再試験に不合格だと、免許取消。
再試験を受けない場合も、免許取消となります。

再試験だね。
まあ、あなたのような人は合格させないだろうから、取り消し覚悟してくださいよ。
更に欠格期間1年は再取得できない。
点数制度は悪質な運転者を交通社会から排除するためにあるんですよ。
これを機会に運転はやめしょう。

へ～
５点の違反ですか。
それも２回も・・・

5点と言うのは何の違反でしょうか？単発の違反で5点の違反はありません。
5点の違反は人身事故であれば基礎点数と付加点数の合計で5点になる事はありますが。
それは置いておき、5点と2点の違反の時点で免停を受けて、前歴1回が付いてその後に5点の違反で再び免停を受けてますから、現在、質問者さんは前歴2回、違反点数0という状態になります。免停を受けて処分が明けると違反点数が0点に戻ります。しかし、免停を受ける毎に前歴回数が付きます。よって累積12点ではありません。
また、前歴2回になれば2点で免停対象、5点で免許取消対象となります。
また、初心者講習を受けて、3回目の違反が初心者該当の免許の車両で違反をしたのであれば、今度は初心者講習とはならず、再試験の対象となります。
再試験の対象となれば、初心運転者期間終了後に再試験通知書が届きます。その再試験の期限内に受験して合格すれば免許が維持されますが、不合格、または不受験の場合は初心者該当の免許が取消となります。

どちらにしろ再試験の対象なので取消になるでしょう。