今からちょうど2ヶ月前に右折禁止の交差点を右折してしまい警察に止

今からちょうど2ヶ月前に右折禁止の交差点を右折してしまい警察に止められました。
違反2点で、そのとき警察官の方に
「軽微な違反にあたりますので、今日から3ヶ月間何も違反がなければ消えますので、そんなに心配なさらないでください」と、言われました。
消える、とはつまり点数が元に戻るということですか？
完全に無かったことになるのでしょうか？

一概に「3ヶ月で」とは言い切れません。その2ヶ月前の違反の時点から過去2年間が無事故無違反であることが条件です。（もちろん、免許歴2年以上の人が対象です）
この場合、2ヶ月前の違反から3ヶ月を無事故無違反で過ごせば、違反点数（2点）は、累積から外れます。よって、もしも今後（3ヶ月以降に）違反があっても、2点は足されなくなる、ということです。
点数は0点扱いになりますが、「違反歴」は5年間残ります。この「違反歴」の有無で、次回の免許更新の際に、「優良」・「一般」・「違反者」という更新者区分が決まります。
免許証の帯色や、更新時の講習時間が変わります。

消えるとは違反加算点が付かないということです。
違反点制度は点が減るのではなく、違反点累積が増えて行くことで免停になったりします。
無事故・無違反で免許証が汚れていないとゼロ点ということです。

＞消える、とはつまり点数が元に戻るということですか？
点数の累積という意味では無くなります。
点数の累積とは停止や取り消しになる基準の点数です。
＞完全に無かったことになるのでしょうか？
いいえ。
その点数を取ったという事実は残ります。
更新の後は、色はゴールドではなくなりますし、有効期限は3年になる可能性があります。

＞今日から3ヶ月間何も違反がなければ消えますので
現在
前歴０回、違反点数２点

違反点数が消えるのは
条件があり
違反日からさかのぼり
２年間、
無事故無違反期間があると
３か月、無事故無違反で
今回の違反点数は消えます


違反日からさかのぼり
２年間、
無事故無違反期間が無い場合は
違反点数が
１年間
無事故無違反期間が経過しないと
違反点数は消えません

その通りです。今の方式は加点方式なので、０点に戻ります。