普通二輪（MT）免許の取得について自分は今、MT普通免許を持っているのですが取

普通二輪（MT）免許の取得について
自分は今、MT普通免許を持っているのですが
取得までの流れでは
教習所に通い、卒業検定を受け
証明書をもらい免許センター？で
本検受けて（筆記のみ
）免許交付までに至りました
ですので今回取りたい普通二輪免許では
この本検は免除され
教習所で卒業検定を受け、卒業証明書を貰い
免除センターで提示すれば取得できるのでしょうか？

大まかにはあなたの書いた通りですが、免許の併記は一応「試験」を受けるということになっているので、現有免許を提示するだけではダメです。
受験料を支払い、免許交付手数料を支払い、適性試験（視力検査）を受けて、写真を撮って、新免許証の交付を待ちます。すべて終わるのにだいたい2時間くらいかかろうかと思います。

普通免許を所持されておれば、普通二輪免許の学科試験は免除され、卒業証明書を持参で技能免除。よって、適性試験(視力検査等)に合格すれば普通二輪免許が交付されますよ。

提示だけでは取得できませんよ。
その場合は併記ということです。
併記は結局は運転免許試験を受験することです。
運転免許試験は、
①技能試験
②学科試験
③適正試験
の三試験を受験することです。
併記の場合上記の
①は、教習所の卒業証明書で免除
②は、普通免許で免除
になりますが、
③の適正試験（視力検査）は受験して合格する必要があります
適正試験だけでも、運転免許試験の受験ですから、更新ではありません。
運転免許試験場で試験をしている日にしか受験できません。

運転免許試験場で卒業証明書を提出し適性検査に合格したら講習を受ければ併記手続きは完了だったかな？

合っていますよ。
運転免許試験を
学科試験→普通免許所持→免除
技能試験→指定自動車教習所卒業→免除
適性試験→視力や聴力など→受験
受験していることに変わりは無いですが。