免許証をコピーしないといけないのですが、プリンターはありますがスキャナ機能が

免許証をコピーしないといけないのですが、プリンターはありますがスキャナ機能がついていないのでスマホで写真を撮って、それを印刷するのは大丈夫ですか？
ちゃんと本人確認書類として提出できるでしょうか？

可能
ＣＡＭＳＣＡＮってアプリ使うと便利。(スマホのカメラをスキャナ替わりに使う時にいつも使っているアプリ)

基本、大丈夫
明るめの昼白色照明の下で撮れば解像度も良い
反射やテカリの無いように注意

ネット銀行は免許証の写真を添付するよ。でも提出する機関に聞いたらいい。

コンビニ、ツタヤ、役所どこでもコピー機

写真や記載内容が鮮明で、本人確認できれば問題ないでしょう。

いやいや、コンビニにコピー機あるでしょ。
スマホで撮ったらそれではダメだとか言われたら二度手間ですよ。最初からコンビニでコピーした方が楽です。