先日教習所を卒業したのですが原付免許をとったのを申告するのを忘れたまま卒業

先日 教習所を卒業したのですが原付免許をとったのを申告するのを忘れたまま卒業してしまいました。現有免許のところと免許証番号のところには何も書かれてないのですがこれは自分で書いて問題ないでしょうか？ また
試験場に行ったとき問題は起きるのでしょうか？

免許センターに提出する申請書のことですよね？
それなら記入が必要です。
自動車学校では質問者さんが自動車学校に入校したときや、なにか条件の変更があったときなど、免許センターに受験者登録をします。
自動車学校に原付の届け出をしていないということは、受験者登録の内容と質問者さんの申請内容が違っています。
もしかしたら免許センターでの本免手続き時になにか言われるかもしれません。
気になるなら自動車学校に聞いた方がいいですよ。