2013年8月18日にスピード違反で1点 - 2016年3月28日にス

2013年8月18日にスピード違反で1点
2016年3月28日にスピード違反で3点
2016年7月12日にオービスで12点の違反を犯しました。
この場合、免許取り消し確定ということでしょうか？

2013年の違反（Aの違反としましょう）から次の違反（Bの違反）までが約2年7か月あります。
よって、Aの違反点数は2014/8/18で累積から外れてますので、累積0点という状態になります。無事故無違反1年間の優遇措置です。
さて…Bの違反に関しては、この違反から過去2年以上無事故無違反であるので、違反から3ヶ月間を無事故無違反で過ごせば、この3点は累積から外れるという優遇措置があります。
今年の7月の違反（Cの違反）までに、3ヶ月半くらいありますから、ギリギリですが2年の優遇措置が適用されるので、今日現在はCの違反の12点だけになります。
先の方は、この「2年の優遇措置」を失念されているようです。
よって累積12点で90日の免許停止処分対象です。まず「意見聴取」の機会（弁明の場）が与えられますが、これへの出欠は任意です。出席すれば、もしかしたら60日の免停になるかもしれません。（期待は薄いですが）
欠席すれば90日が確定します。
長期免停講習を受ければ、最大45日間の免停短縮ができます。しかし、残った45日は免許没収となります。
とりあえずは免停は免れましたが、気をつけないと次はホントに取消なんてこともありますので、くれぐれも気を付けて下さい。

fmtokyoさんの回答が正解です。現在、質問者さんの違反点数は12点で90日免停の対象です。
あえて付け加えるとすれば、過去3年より前の違反点数に関しては累積点数の計算から外れる事とされているので、2013年8月の違反点数はすでに計算から外れています。ただし、更新時の運転者区分の判定材料として、違反した記録は過去5年間の違反が対象となりますから、その点に関しては影響はまだ残っています。あとはfmtokyoさんの回答の通りとなります。

＞2013年8月18日にスピード違反で1点
この1点は次の違反まで2年半あるので消えてますが、今年の3月に3点、そして12点ということであれば合計15点ですから取り消しです。
https://rjq.jp/rules/gyosei.html

但しこちらに書いてあるように意見の聴取のときに免停に緩和される可能性もあります。
https://rjq.jp/rules/torikeshi.html
ただあなたの場合は3月も7月もスピード違反ですから「反省の色無し」と取られる可能性はあります。速度超過が50ｋｍ以上の違反でも実測60ｋｍ/ｈ以上の超過で計測されている場合はほぼ無理のようです。
とりあえず取り消し後、欠格期間1年を経て取消処分者講習の受講してからの再取得ということになりますね。時間もお金もかなりかかることになります。