今日の深夜2時頃に原付に乗っていたら、パトカーがいて追いかけてきまし

今日の深夜2時頃に原付に乗っていたら、パトカーがいて追いかけてきました。そして停まったら免許証を出してと言われて出したら16歳なのに補導もないまま終わりました。原付などのバイクに乗っていたら補導されない
ということはあるのでしょうか？文章変でごめんなさい。

補導の条件というのは明確に法で定められているわけではない。
警察が独自に「このまま放っておくと，悪い道に進んでしまうかもしれないようなことをしている」と判断した未成年にたいして行っているものです。
もちろん警察内で補導の条件というのは細かく規定を作っていますが、その中に深夜徘徊というのも含まれます。
しかし、深夜徘徊していれば何が何でもというわけではなく 正当な理由がない深夜徘徊が補導の対象となっているようです。
あなたの場合、どういう理由で深夜2時に原付で走行していたのかは知りませんが、警察としては正当な理由のない徘徊だとは判断しなかったものと推測します。

深夜ではあっても免許を所持してて違反が無ければ取り締まらないよ。おそらく無免かの確認だけだったんだろうね。

補導と言っても、さまざまな対応があります。
あなたのように、運転免許証で身元の確認が出来れば「あんまり遅くに出歩いちゃダメだよ」で終わることもありますし、警察署まで連れていかれて、保護者を呼び出し、厳重に注意することもあります。
で「未成年者だけど、深夜にバイクに乗ってただけなら補導できない」と書いている人がいますが、補導できます。
あなたの住んでいる都道府県の「青少年健全育成条例」などで「保護者は少年が正当な理由または保護者の同意なく深夜10時以降に外出させてはならない」というような規定を設けている場合がほとんどです。
この場合は、処罰対象は保護者ですが、少年については「深夜外出をしないように指導などする」ことを定めていますので、補導の対象となります。
補導は「犯罪でなければ行われない」訳ではないんです。
例えば未成年者が煙草を吸っていても、その未成年者は罪には問われませんが、煙草の喫煙を容認や放置している保護者や、未成年者と知りながら煙草を売ったり提供したりした成人が処罰の対象となります。
けど、高校生が煙草を吸っていると補導されるでしょ？
そこが「大人と子供の違い」です。

補導といっても、海外の外出禁止令のように厳しくなく、ゆるいです。
ヤンキーや、警察の経験からなにか裏がありそうな未成年者を補導します。
分かりやすくいえば、「こんばんは。はい、補導！」とはならないということです。
事情を聞いて、社会的に・一般的に見て普通の用件で移動していたなら大丈夫です。
コンビニに行くだけだとギリギリですが、母と2人暮らしで、母が熱っぽいのでコンビニに体温計を買いに行く、となれば、大体の警官は気を付けてな、となるでしょう。
そんな感じです。もちろん嘘ならバレて補導されるかもしれませんが。
万が一補導されて親や学校に連絡されても、周りに認めてもらえそうな理由なら移動しても大丈夫だとは思います。
未成年なら男でも絡まれやすいので、事件・事故には気をつけて。

バイクに乗ってるから補導されないなんて事は無いが。
そのパトカーが今回偶々交通課や警邏課だったから免許証提示それ以上の事は突かんだけだったんだろう。
これが少年課だったら自治体の条例等によりけりだが深夜徘徊とかで補導の対象になるかもしれない。

夜中に何の用なのか一応止めただけで、そこで怪しい動きがあれば根掘りはほり聞かれて品物チェックされたり中々逃げられなくなります。