車の免許で、初めから普通免許で取るのもAT限で取って2年くらい普通に乗り回

車の免許で、初めから普通免許で取るのもAT限で取って2年くらい普通に乗り回して車に慣れてから限定解除しに行っても難易度は同じですか

そもそも、MT車の操作なんてものは難しいものではないです。限定解除を前提にAT限定で取得するのはもったいないです。
自動車学校で解除教習と審査を行うのであれば、費用の面でも、5万円程度余計にかかってしまう勘定になるし、審査合格の手続きにまた試験場へ行かなければなりません。（限定解除の手続きは、試験場でないとできない）
AT限定解除の教習は規定4時間ですが、規定時間で終わる人は少数派だそうです。ということは、限定解除のほうが難しいのかもしれません。理由は先のかたが書かれている通り、AT車での運転で癖がついてしまっているからでしょう。

AT限定で取得して乗り続けていると、AT限定特有の癖がついてしまい、限定解除が難しくなります。最初から限定なしで取得されることをお勧めします。AT車ばかり乗っていても、意外と体が覚えていて久しぶりにMT車に乗っても運転できるものですよ。

34時間の過程をしっかりとMTで乗るか、ATで乗るか・・・最初は肝心ですよ。
その先何年乗ろうが、所詮はAT免許です。変速機を手足で動かすなんて頭で理解してできる物じゃない。癖もつく。
難易度と呼べるほど高尚ではないだろうが、サルに芸を教えるくらい困難だと思う。

多分、限定解除の方がむづかしいと思う。
理由は簡単で、今までやっていなかった作業が発生し、うっとおしく思うので、覚える速度が遅くなる。
何も知らないと、それが標準なので、無理なく覚えられる。

4時限目は見極めだから、実際は3時限でMT特有のことを修得しなければなりません。
しかも、路上教習は無いので、ぶっつけ本番です。

難易度は同じです。
AT限定の時と同じようなことをもう一度やるだけです。