普通免許所持者(初心者ではない)が、二輪免許を取得後に、原付の違

普通免許所持者(初心者ではない)が、二輪免許を取得後に、原付の違反で捕まったとき、どちらの免許で違反を切られるのでしょうか？
初心者ではない普通免許で切られればなんて事はないですが、
初心者である二輪で切られると痛い思いをします。
何か明確な基準みたいなものもありましたら、紹介をお願いします。

初心運転者期間は対象の免許の種類の車両を運転して違反した点数が初心者対象の点数となります。
(例：普通免許→普通自動車を運転して違反した点数が初心者対象の点数。原付、小型特殊で違反した点数は初心者対象の点数の対象外。)
また、普通免許も二輪免許も原付免許の上位免許であり、例え両方でも、どちらか初心運転者期間でも原付で違反した点数は初心者対象の点数とはなりません。
また、違反点数は免許の種類ごとにつくのではなく、個々の免許証1枚に対して違反点数が付きます。
個々の免許で計算する場合は初心運転者期間の時だけです。

原付の違反であれば原付の違反になります。免種欄に原付の文字がなくても原付の違反です。

明確な基準、ありますよ。
違反切符は、違反した時に乗っていた車両で切られます。
原付に乗っていたのであれば、原付で切られます。普通や普自二では切られませんから、ご安心を。

痛い思いとは、初心者運転期間の初心者点数の事で間違いないですね？
この場合は、原付免許の初心者期間は、普通免許の初心者期間終了時に終わっていますので、運転免許そのものの違反点数のみで済みます。
参考
http://www.interq.or.jp/silver/s883/syosinuntenkikan.html
ですが、「なんて事ない」とお考えでしたら、落ち着いて考え直してください。
原付ですと、ついスピード違反をとられがちです。
せっかく普通免許の他に自動2輪の免許もあるのですから、原付の違反で全ての免許を無くしてしまう様な事があったら、勿体無いですよ～

そういう考え方はありません。
その運転者が運転可能な免許を取得しているか？どうかだけです。
質問の場合、原付での違反は初心者期間の特例の対象になりません。
累積での計算方法でのみ加点されます。

免許証は一人一つ。どちらの免許証でと判断する必要はない。
初心者特例の話をしているのであれば、原付の違反は原付（たとえ持っていなくても）
だから、二輪の初心者特例には関係ない。
よって、二輪の免許で初心運転者講習を受けたりしたくないのであれば、初心者期間が終わるまで原付１種を乗り続ければ良い。
二輪の免許の初心者特例の点数は、その二輪の免許でしか乗れない乗り物で違反した時。

例：
普通自動車免許と、二輪が初心者の時（原付は持っていない）
原付で違反を繰り返したとしても初心運転者講習にはならない。