普通車免許を取ってまだ1年がたっていないので、初心者の期間中なので

普通車免許を取ってまだ1年がたっていないので、初心者の期間中なのですが、この前駐禁を取られてしまい、そちらは訳があって出頭する事になり3点取られてしまい、次に違反を犯すと初心者講習を受けなければならない
事は理解できているのですが、駐禁を取られてしまう少し前に、免許を取得して1年以上経つ普通２輪免許で人身事故を起こしてしまいそちらはまだ処分が出ていないのですが、恐らく3点以上になると思います。
この場合免停になるのは覚悟の上なのですが、点数は
駐禁+人身事故になるのでしょうか？
それとも、普通車免許は初心者期間中なので別になるのでしょうか？
詳しい方教えてください。

勘違い、もしくは混同しています。
初心者講習制度と反則点数制度は別の制度です。
具体的に言うと、
➀初心者講習は3点(但し一回で3点は除く)に達すると受講する義務が生じます。
②普通２輪免許で人身事故で3点+駐車違反で3点＝6点は、行政処分の対象に就き
免停30日（行政処分者講習受講で優取得で1日）になります。
ご質問者様は、上記➀②共に対象者です。
駐車違反1回でで3点は、放置駐車違反（駐停車禁止場所等）です。

普通免許の初心運転者期間で初心者講習の対象なる点数は普通自動車を運転した違反点数のみが対象となります。
質問者さんの場合、普通自動車で駐禁3点のみで今のところ問題ありませんが、普通自動車であと1点以上の違反を初心運転者期間中にすれば初心者講習の対象となります。
また、人身事故の点数は解りませんが、人身事故の点数が3点以上であれば駐禁3点と合わせて6点以上になるので累積6点ちょうどであれば｢違反者講習｣の対象、7点以上～14点であれば免停の対象となります。

点数はひとつの免許なので6点以上になり免停です。初心者講習にはあたりません。