第一種運転免許の普通免許の本免学科試験はATを希望でもMT車に関する

第一種運転免許の普通免許の本免学科試験はATを希望でもMT車に関する問題も出ますか？
また仮免許の時の第一段階の問題もあわせて出題されるのでしょうか？

「第一種運転免許の普通免許の本免学科試験はATを希望でもMT車に関する問題も出ますか？」
はい。AT/MT に関係なく、また四輪車に関係なく、二輪車やトラックの問題も出ます。一種運転免許の学科試験は(原付と小型特殊を除いて)共通なので、内容も共通のものが出ます。
「仮免許の時の第一段階の問題もあわせて出題されるのでしょうか？」
同じ問題が出る訳ではありませんが、同じ範囲から出題されるでしょう。仮免許についても、あなたが指導する立場になる可能性があるので、対象外にはなりません。

区別はありません。
試験は４種類あり、
１ 原付
２ 小型特殊
３ 二種のもの
４ １～３以外
で、普通ＡＴは「４」の試験であり、限定無しの普通免許の人と同じ試験です。

ちなみに余談ですが、一番かわいそうなのは「いきなり大型特殊を取る人」です。
「４」の試験には何故か大型特殊の問題が一切出ないので、いきなり大型特殊を取る人は、全く関係しない四輪自動車や二輪車のことを覚えなければならないのです(^_^;)

問題にＡＴ・ＭＴの区別は無かったと思います。

学科試験の問題は大きく分けて3種類。
1）第一種学科試験
2）第二種学科試験
3）仮免学科試験
です。原付と小特に関しては、第一種の一部という感じかと思います。
第一種学科試験は、普通自動車免許（ATであろうが限定無しであろうが）を取得しようとする人はもちろんですが、大型特殊免許、自動二輪免許もその範疇に含まれます。
仮免許の範囲も含まれます。
しかし、そもそも難しい問題ではないので、気にするほどのことではないかと思います。

MT の方でもATのことや二輪の問題もでます。もちろん第一段階のこともでますよ。逆も同じです。
問題は3種類のみです。
・原付、小特
・他の一種（MT AT 二輪 大特など)
・2種