普通二輪免許を今度取りに行こうと思うんですが、普通二輪にもATとMTがあるので

普通二輪免許を今度取りに行こうと思うんですが、普通二輪にもATとMTがあるのですか？
また、どちらをとれば良いかなどはありますか？

簡単に言えば、普通二輪AT限定とは400ｃｃまでのスクーターの免許。
限定なしはすべての400ｃｃまでのバイクに乗れる。
二輪のMT車はクラッチ操作が手でできるのでクルマより簡単。ニーグリップできるので安定する。
教習所によるが1週間程度で取れる。
ちなみに大型二輪AT限定は650ｃｃまでのスクーターの免許。
稀に650ｃｃを越えるAT仕様のバイクがあるけどそれに乗るには大型二輪限定なし免許が必要。
教習所によって費用も期間もかなり違うからね。

当たり前ですが
出来るならMTに後で全ての二輪に乗れる。
ATしか乗らないならATで良いでしょう

「普通二輪にもATとMTがあるのですか？」
教習所が不用意にMTと言う言葉を使うので誤解している人が多いようですが、運転免許に「MT」と言う用語は登場しません。AT限定があるか無いかの違いです。
普通自動車免許と普通/大型自動二輪免許にはAT限定が付けられます。中型自動車免許でAT限定が付いている人も居ますが、これは旧普通自動車免許から制度改正で中型へ移行した人のみで、新たに中型自動車でAT限定を付けることはできません。
なお、免許ではなく車両の話であれば、二輪にも四輪にもMT車とAT車が存在します。普通二輪車だけでなく、大型二輪車にも存在しますよ。
「どちらをとれば良いか」
AT限定のつく免許では、クラッチペダル/レバーのある車両には乗れません。四輪車の場合は、クラッチ操作のないAT車が大半ですので大して問題にはならないでしょうが、二輪車の場合は、AT車はスクーターなど全体のごく一部に限定されます。趣味の乗り物である二輪車で、乗れるモデルに制限があるのは好ましい事ではありませんので、AT限定なしで取得することを目指したほうがいいですね。AT限定をつけることは、クラッチ操作を習得できず諦めてから考えればいいでしょう。教習コースの途中でAT限定に変更する事は可能です。