現在、普通自動車免許を所持してきて、尚且つ普通自動二輪の卒業証明書を所持してい

現在、普通自動車免許を所持してきて、尚且つ普通自動二輪の卒業証明書を所持しています。
試験場にて視力検査等を受ければ現在の普通自動車免許に加え、普通自動二輪が取得できるという状態
です。
しかし、免許証の紛失歴を戻したいため、一度普通自動車の免許を返納してから普通自動二輪の卒業証明書にて免許を交付してまた普通自動車の教習に通おうと考えているのですが、このような場合、返納してからでも普通自動二輪の卒業証明書は有効なのでしょうか？
わかり難い文章で申し訳ありませんが、ご回答頂ければ幸いです。

そもそもなんで？
なんでそんなもったいない事すんの？
失効歴だけのために普通免許を返納？
今ある普通二輪の卒業証を持って、免許証にしちゃえばいいだけの事でしょ
免許証に紛失数が記載されていても何も恥じる事ないよ
あれこれと気にして、高いお金を掛けてせっかく取った普通免許をパーにする事の方がよほど酷い行為だよ
それと、そんな事したら普通二輪の卒業証は無効になりますよ
教習所は、あなの所持免許が普通免許所持とした上でカリキュラムが組まれます
普通免許があれば学科の教習授業はわずかですし、実地の教習授業も少し短縮されます
そんな中、せっかくの普通免許を返納してしまったら
、あなたは所持免許なしとなります
あくまで普通二輪免許の卒業証は、あなたが普通免許所持の立場で合格した卒業証です
返納してしまったら、卒業証はすべて無効です
あなたは免許なしになってしまいますよね
そんな事してまで紛失歴にこだわり、せっかくの免許を返納するなら、もう免許証なんか取らない方がいいですよ
免許証とは公安委員会が認めた運転許可の証ですよ
試験に合格された車両を運転してもいいよと、認めてくださった証明書ですよ
免許証は格好じゃないですよ
見てくれじゃありません
人に見せびらかす物ではありません
免許の写真が気に入らないから、わざと紛失したふりをして試験場で再発行しますか？
それとも１日中、自分の免許証にうっとり眺めますか？
しないでしょ
二輪の卒業証を早く免許証にして、これからも免許証を大切にしてください

6ヶ月以内の失効再取得では運転免許証番号は変わりませんので、お書きになっているように、申請取消を行って免許の再取得をしなければ、運転免許証番号の末尾は変わらないでしょう。
>返納してからでも普通自動二輪の卒業証明書は有効なのでしょうか？
第2段階の途中で普通免許を失うことがあれば、第2段階の学科教習を受けなければ、卒業ができなくなりますが、普通免許所持者として卒業検定を受検していますので、卒業後に普通免許がなっても、教習や検定合格は有効です。
ただ、3月12日に免許制度が新しくなりましたから、質問者さんがお持ちの普通免許は5t限定準中型免許と読み替えられます。
申請取消を行って普通免許を再取得をすると、新普通免許ですから、運転できる範囲が以前より狭くなってしまいますし、今の免許をカバーできる準中型免許を取得することもできますが、教習時間が多く、深視力検査もありますから、少々面倒ですよ。（5t限定準中型免許は失効手続き以外での再取得は不可）

自動車は運転しなくていいの?

紛失歴を隠すのが、普通免許の取り直しよりも大事とは、私にはちょっと理解の及ばない感覚ですね。まあ、免許証の末尾の数字がゼロでない事を過剰に批判するバカが職場の上司に居たりすれば、そういう気持ちになるんでしょうか。
その指定教習所の卒業証明書には、対象となる免許証番号は記載されていますか？。おそらく無いと思います。であれば、免許証の返納に伴い失効する理由が無く、1年間は技能試験の免除を得られるでしょう。
ところで、私は経験が無いのですが、失効再取得では免許証の番号が変わるはずですよね。だったら、返納だの取り直しだのをせずに、更新時に意図的に失効させればいいと思います。
もっとも、番号の末尾の数字を見て他人をバカにする上司なら、取得日が最近に変わっている免許証についても、何か言うかも知れませんね。

そんな事例は聞いたことがないですが、自動二輪の卒業証明書は普通免許があると言うことで学科が免除になったと思います。
返納したら免なしになるので、いまある卒業証明書は無効になると思います。
ただあくまで推測なので、免許センターの職員に聞くことではっきりすると思います。