詳しくは知りませんが、質問者さんはフィリピンに滞在していない外国人、でいいんですよね。フィリピン政府国土交通部(LTO)の、非商用運転免許の説明を見る限り、フィリピン国外に出てしまった外国人は、簡単に更新はできないのではないかと言う気がします。
LTO NON-PROFESSIONAL DRIVER'S LICENSE
http://www.lto.gov.ph/license-permit-issuance/244-non-professional-driver-s-license.html
ここの資格(QUALIFICATIONS)の記載に「for foreigners, the applicant must have been in the Philippines for at least one (1) month with proof that he/she will stay in the country for at least one (1) year from date of application.(外国人の場合は、申請者は少なくとも申請前に1ヶ月間フィリピンに滞在していて、申請日から少なくとも1年間滞在可能であることを証明していなければなりません)」とあります。外国人の短期訪問者が、この条件をクリアできるとは思えません。