3年前に原動付自転車の免許を - とったのですが今年の4月に普通二輪

3年前に原動付自転車の免許を
とったのですが
今年の4月に普通二輪免許をとったのですが
二人乗りはまだしてはいけないんでしょうか？

ダメですよ。
免許取って１年
高速を2ケツするなら3年の20歳までダメですよ。
1人なら問題ありませんけどね。

原付免許は無関係ですね。二輪の二人乗り禁止は、普通二輪(または大型二輪)を最初に取得してから1年間です。今年4月の取得なら、来年4月(の免許取得応当日の翌日)までは禁止ですよ。

一般道における二輪車の二人乗りの条件は
排気量は51cc以上
大型二輪免許、普通二輪免許、普通二輪免許（小型限定）のどれかの免許を交付されてから1年以上経過
高速道路における二輪車の二人乗りの条件は
排気量は、１２５ｃｃ以上
年齢20歳以上かつ大型自動二輪車免許又は普通自動二輪車免許を受けていた期間が通算3年以上

あなたが先に取得していたのは自転車の免許です。
自転車は 二人乗りが許されていないので 今回 二輪の自動車免許を取得時点から一年後に一般道での二人乗りが出来るようになります。
取得から三年後には高速道路でも二人乗りが出来るようになりますが その時点で運転者が20歳以上になっている事が条件です。

ダメですね。
二輪免許取ってから一年はニケツ禁止。
高速道路は3年。しかも二十歳以上。
勿論、一人乗り用のバイクに二ケツも駄目。90㏄以上でも。