自動車学校の教習期限と仮免許期限の両方が切れてしまった場合は第一段階から

自動車学校の教習期限と仮免許期限の両方が切れてしまった場合は第一段階から同じ料金を払ってやり直しですか？

教習では履歴の活用が認められていないため、期限切れについては"無かったこと"になります。
運転免許を過去に持っていた、教習所の卒業直前まで進んでいた、としても１段階の最初からやり直しです。

どうにもなりません。出来るとすれば免許センターで仮免を取ってきて、2段階から入校することです。

はい。
やり直しです。