JEISで1級小型船舶の免許を取得しようと思っていますが普通の

JEISで1級小型船舶の免許を取得しようと思っていますが普通の1級小型船舶の試験とどう違うのですか？

私も随分昔に大阪のJEISで取りました。試験の内容自体は同じですが、私の時は万一落ちても追加料金無しで何回も取り直しができます（私は１発でとりましたが）。そして練習艇と同じ船を利用して実技試験が受けられます（検査官と教授官は違う人が担当しますが）というのがメリットですね。

全く一緒です。
国家試験免除などの教習所でも決められた課題の試験をクリアしなければなりません。
これらの課題は通常？の試験と同じです。
ただ、国家試験免除の教習所での合格率は限りなく100%ですが、一般試験での合格率は僅かですが不合格の人もおられます。

同じですけど…

「国家試験免除」ってやつだと、値段が高いですが、最短2日で取れますよ。
国家試験免除も、免除となってますが、
国家試験と同等の修了考査があるので、時間があるなら、一般コースをお勧めします。