免許制度についての質問です。先日、私は普通車で不注意による確認義務不履行

免許制度についての質問です。
先日、私は普通車で不注意による確認義務不履行による違反をしてしまいました。
まだ普通車は初心運転者期間で、過去三年ほど前に原付の免許を持っていました。
その違反までは無事故無違反です。
違反により2点引かれてしまい、初心運転者期間なので初心運転者講習まで残り1点となってしまいました。
この場合三ヶ月無事故無違反ならばあと1点の違反で初心運転者講習とならないのでしょうか。
回答よろしくお願いします。

「不注意による確認義務不履行による違反」
安全運転義務違反のことですかね。
「違反により2点引かれてしまい」
交通違反の点数制度は0点からの加点式です。引かれることはありません。
「三ヶ月無事故無違反ならばあと1点の違反で初心運転者講習とならないのでしょうか」
交通違反の累積点数計算と、初心運転者期間の点数計算は別です。過去2年間の無違反があれば、違反から3カ月経過することで累積点数には計上しなくなりますが、それは初心運転者期間中の点数計算には関係ありません。初心運転者期間中にあと1点の違反をすれば、初心者講習の対象になります。

初心者特例の点数制度と行政処分の点数制度とは、別個の計算をします。
あなたの場合、原付の免許を取得して3年ほど経過していますので、今回の違反に関しての点数（2点）は、これから3ヶ月を無事故無違反ですごせば、0点扱いになります。
しかし、初心者特例の点数については、普通自動車免許を取得してから1年間、普通自動車（軽自動車）での違反が対象となるので、この2点は免許取得から1年間残ります。
なお、違反点数はひかれるものではなく、加点されるものです。