普通二輪免許の取得のときなのですが自動車学校で卒業検定に合格してから免

普通二輪免許の取得のときなのですが自動車学校で卒業検定に合格してから免許センターで学科試験を受けるのでしょうか？

原付又は小型特殊の免許所持者か、何も取得免許が無ければ、
卒業後に学科の試験は免許センター（試験場）で受験です

学科試験は必要で誰もが覚悟していますが
意外と適正検査で卒業してるのに免許が発行されない事例が稀にあるそうです
四輪と二輪では適正検査が違いますから四輪をもってればｏｋとはならないわけです

そうです。
すでに四輪の免許を持っている人は学科試験を免除されますが、試験場(免許センター)に行かなきゃ手続き出来ないんで、段取りは一緒です。