普通自動車の免許をとっていて - 大型二輪の免許の教習を受け無事卒検を終

普通自動車の免許をとっていて
大型二輪の免許の教習を受け無事卒検を
終えたのですが、
書き換え？更新？交付？しに免許センターに
行くじゃないですか？
13:00~13:30受付で終わるのが16:00なのですが
そんなに長い時間なにをするのでしょうか？？

実際には「免許の書き足し」と呼ぶようです。
自分の住む県の免許センターでもそうでした、受付の時間は一緒、実際の免許の交付は16:00過ぎてましたね〜。
他の回答にもありますが、やることはたいしたことないのにやたら待ち時間が長い、ということです。ただ、免許の書き足しをするのは普通二輪から大型二輪の人とか、結構沢山いたし、まぁしょうがないかな〜、という印象でした。

待ち時間が長いだけ。

多分３０分～１時間で終わります。
16:00は新免許が交付される時間ではなく、
受付終了の時間ではないですか？
他免許を追加する手続きは、
併記と呼ばれています。
やることは、
・写真撮影
と
・適正検査
の２つのみです。
なのでそんなに時間はかかりません。

ほとんど待ち時間。
午前受付者も含めて発行処理している。

ほとんど待ち時間です。
人数が少ないので受け付け・写真撮影も集合させられて一気に処理されますし、免許の受け取りもみんな一緒ですからね。
私の場合は免許のお渡しは更新・優良講習の人よりも後でした。

13:30までに受付それから視力検査をし待ち時間
写真撮影の準備（免許を受けるすべての人が同時じゃない）
新規取得
更新
併記（あなたはこれ）
すべてがグループ分けされての写真撮影だから待ち時間が有ります
免許の作成に１時間程度（人数により時間は変わる）
呼ばれて免許の交付と間違いがないか確認
教習所卒なら講習は無いはず（私は無かった）