昭和３９年に父は普通自動車運転免許を取得したそうですが、免許証を見る

昭和３９年に父は普通自動車運転免許を取得したそうですが、免許証を見ると大型自動二輪車も運転できるようです。バイクに乗った姿は一度も見たことないので、父に聞くと自動車免許を取ると一緒
についてきたんだよっていってました。当時どのような免許制度だったんでしょうか。詳しく教えていただけないでしょうか。

昭和39年時点の普通自動車免許は
普通自動車、自動三輪車、軽自動車、第二種原動機付自転車、第一種原動機付自転車
が乗れました。
大型自動二輪は免許は別です。
ただ、昭和40年に第二種原動機付自転車免許を自動二輪車免許に区分変更されたので、そのまま普通自動車免許で大型自動二輪も乗れるようになりました。
当時はこれをオマケ免許と言って、バイクに乗った事のない人が俺の免許はハーレーも乗れると自慢していました。
ただ大型二輪で事故が頻発して、だんだん厳しくなっていきました。

ameshokurobiさんが書いているとおりです。
1965年(昭和40年)8月31日までに普通免許を取得したら、1965年(昭和40年)8月31日までは、 普通自動車・自動三輪車・軽自動車・第二種原動機付自転車・第一種原動機付自転車 を運転できました。
当時の道路交通法には軽自動車という区分があり、二輪(～250cc)が含まれていました。
そのため、当時の普通免許では、250ccまでなら、オートバイを運転できました。
その後、1965年(昭和40年)9月1日に道路交通法が改正され、軽自動車に含まれていた二輪(～250cc)が自動二輪に移りました。
改正後の自動二輪は一種類だったため、改正後も二輪(～250cc)を運転できるように、改正前からの普通免許所持者には自動二輪(排気量制限無し)を運転できるようになりました。

詳しい年はわかりませんが、S40年代初頭まで、普通自動車免許を取得すると限定なしの自動二輪免許も同時に交付されたんです。
限定無しの自動二輪なので、今の「大型自動二輪」です。
その後、二輪車の事故が増えてきたのでしょう。自動車免許を二輪免許は分離されたんです。
しかし、分離前に取得したものについては、取消されることはなかったので、今でも大型自動二輪としていきているんです。

昔は普通免許持ってた人は自動で大型二種免許が貰えた事も有ったらしい
早い話しが
警察の天下り団体の自動車学校が
忙しいと免許が甘く成って
暇に成ると厳しくして
新たな免許迄作って
失業対策するんですよ
無茶苦茶だけど

その時代
原付の免許は
名前書いて目の検査すれば
もらえたって言ってましたよ
うそか本当か知らないけどね

昭和二十何年かまでの免許区分は｢普通｣｢小型｣｢特殊｣の三区分でしたので、普通免許持っていたら今の原付の場合と同様、二輪全てに乗れました。
その後の免許区分改正(追加)に伴い、既得権によって、当時の普通免許所持者の現在の免許は｢大型二種｣と｢大型二輪｣所持者となりました。