原付で何度か違反をしてしまい、合計点数が3点になってしまいました。当時

原付で何度か違反をしてしまい、合計点数が3点になってしまいました。
当時の自分は初心者講習にいかず、呼び出しにも行きませんでした。
呼び出しから約2年はたっていると思います。
原付には乗っていませんが免許も手
元にあります。
このような場合自動車の免許の教習に通えますか？

既に免許は失効しているのではありませんか？
初心運転者講習後の「呼び出し」といえば、再試験や意見の聴取で、これらは免許取得1年後以降です。
初めての運転免許証は取得日から3回目の誕生日の1ヶ月後が有効期限ですから、呼び出しから約2年なら、既に有効期限が過ぎているのではないでしょうか。
~免許証の有効期限が切れている場合
初めて免許を取得する人と同様に、本籍記載の住民票の写しと本人確認書類（健康保険証等）を準備して教習所へ入所してください。
失効している運転免許証については、返納の義務がありますので、警察署や運転免許試験場で返してください。（本免学科受験時でもOK）
~免許証が有効期間内の場合
原付免許は取消処分を受けなければならない免許です。
そのまま原付免許を提示して教習所へ入所をすることもできますが、普通免許を取得するより先に原付免許の取消処分を受けなければなりません。
原付の運転はしていないということなら、先に取消処分を済ませてから、本籍記載の住民票の写しと本人確認書類（健康保険証等）で教習所へ入所されることをお勧めします。
初心の取消処分には欠格期間がありませんので、普通免許の取得への影響はありません。
また、原付での違反による点数についても、1年を無事故無違反で過ごしていることで既に累積せず、普通免許を取得すれば、前歴0回累積0点のきれいな免許が交付されます。

自動車学校には問題なく通えますよ。
その前にその免許がどうなっているか免許センターに問い合わせた方がいいですよ。