高校生で原付のってる者です。3ヶ月前ぐらいに免許をとりました。

高校生で原付のってる者です。3ヶ月前ぐらいに免許をとりました。もちろん学校は免許の取得を禁止してます。これってもし自分が高3になった時車の免許を取りに行くときにばれますか？

学校が自動車学校の申込みなどを管理している場合はバレます。
原付免許のみの場合、全く免許がない人と教習課程は同じですが、指定教習所では教習のたびに免許証の提示が必要です。原付免許を持っている人は教習所の申込み時に持っている旨を書かなくてはなりません。
また、高校卒業まで免許証を預かる！という対応の時は当然バレますよね。原付を取った日付は券面に明示されますから。
安全な対応方法としては、
①教習申し込み直前に原付免許を返納する
②高校を卒業してから教習を受けるといった方法があります。
①は、免許センターで「もういらない」といえば原付免許がなくなります。若干は引き止められますが、いらないいらないといえばおｋ。この手続きには、原付ではいかないでくださいね。復路は運転すると無免許運転でつかまりますから。
②に関しては、進学の場合にお勧めの手段です。大学生協などから申し込めば、そこそこ好待遇ですよ。

バレる可能性はありますね。
自動車学校での教習をする際に「教習簿」というものを作ります。入校時にもっている免許を記入する欄がありますので、それを見られたら一目瞭然です。
また学校で自動車学校の手続きを行っていたら、やはりそこでもバレるでしょうね。
バレない方法…今ある原付を返納することです。

普通免許を取ったら学校に提出しなければならないという
規則でもあるならばれるでしょうね
まあ、そもそも校則に反してすでに原付を持っているのだから
普通免許を取るときも、学校を無視して
関係のない教習所に行けば、大丈夫だとは思いますよ

自動車学校に勤めています。
高校で普通免許を取るのを斡旋していたり、指定の自動車学校があるようならバレるおそれがあります。