高校三年生の時に車の免許を取るとすると、その前にバイクの免許を取っていれば、

高校三年生の時に車の免許を取るとすると、その前にバイクの免許を取っていれば、車の免許を取る時にバイクの免許は学校にバレてしまうのですか？
同じようなことを言いますが、
車の免許を取る時に、バイクの免許を取得済み等を、記載したりしますか？または、免許を取ったという証書みたいなものをコピーして学校に提出する際にバイクの免許も取得とでてしまいますか？

質問の意味がよくわかりませんが…。
運転免許試験を受ける際は、全くの新規か、いずれかの運転免許を持っているかで、手続きが違います。当然、最初にその旨を申告して手続きすることになります。 ただし、運転免許試験場(もしくは警察)が、受験生が学生であるかどうかを確認する訳ではありませんので、免許を取ったからと言って、自動的に所属学校に通知が行くような事はありません。
しかし、運転免許証の表面には、どの種別の免許を持っているかの表示と、それをいつ取ったかの日付が記載されます。なので、普通自動車免許を取得したことを学校に報告する必要があり、その際に運転免許証のコピーを提示するのであれば、バイクの免許を取ったことも、その日付もバレますよ。

免許を学校に提出しなければ良いです。

免許区分に印が付くでしょ
分からないわけがない

学校というのが自動車学校だとすれば、仮にバレずに書類通せたとしても持っているかどうかです教習料金も多分時間も変わってくるから全くメリットないよ。