社用車に乗っていて「指定場所一時不停止」という違反で、減点２点、罰金７，００

社用車に乗っていて「指定場所一時不停止」という違反で、
減点２点、罰金７，０００円と書かれました。
その後に警官といろいろ話をして、
青切符の「不注意による確認義務不履行 １１９Ⅱ追加」と「道路標識等の表示による禁止制限場所」
という欄にチェックが付けられたのですが、
これはどういう意味でしょうか？
また、ここにチェックをつけられたことで、何かが変わるのでしょうか？

正確には違反点数（の加点）2点、反則金7000円ということです。反則金と罰金とでは全く違うものです。
「不注意による確認義務不履行」ということは「わざと、あるいは故意ではない違反」ということです。「止まれ」の標識を見落としたことが原因の違反です。
「不注意による確認義務不履行 １１９Ⅱ追加」というのは、道路交通法119条の2を示すことかと思います。いわゆる「罰則規定」の項目です。
「道路標識等の表示による禁止制限場所」というのは、標識が設置されている場所での違反ということです。
例えば、標識が設置されていなくても駐停車禁止の場所などがありますよね。今回は標識があり一時停止の義務がある場所で、一時停止ができなかった（気がつかなかった）、ということです。
これらにチェックの印が入っていても、とくに処分が変わるものではありません。期日以内に反則金を納付してしまえば、今回の違反に関しての処分は終わりです。
ただし「違反歴」は残ります。この違反歴は免許更新の際に関わってきます。

「指定場所一時不停止」は【違反内容】。
「不注意による確認義務不履行 １１９Ⅱ追加」と
「道路標識等の表示による禁止制限場所」は
違反の【詳細】。
これ以上の追加違反は何もありません。