四年前にシートベルトで違反切符を切られまして、三年前に免許の更新で違反者

四年前に シートベルトで 違反切符を切られまして、三年前に免許の更新で 違反者講習を受けました。 そして今年 免許の更新の通知が来たんですが また 違反者講習を受けるようになってました。 こういう場合は １つ
の違反で 二回に渡り違反者講習を受ける事になるのでしょうか？

有効期間３年の免許を手にする場合、過去５年間の事故違反歴を見ますから、前回の更新から更にに２年遡って事故違反歴を見るのでその２年間にやった事故違反は更新２回分に影響します。

蛇足ですが、
違反者講習は免停を回避する為の６時間の講習。
違反運転者講習が更新時に受ける２時間の講習。

更新時の誕生日の40日前を基準にして過去5年のうちに、シートベルトの違反の他にもう一つ以上なんらかの違反があったでしょう。シートベルトの違反（軽微な違反が1回）だけであれば「一般運転者更新」となるはじです。
そういった場合、違反運転者講習です。（違反者講習は別のモノです）
この2回（以上）の違反が今回の基準日から5年に入っているので、また「違反運転者更新」になっただけのことです。

「三年前に免許の更新で 違反者講習を受けました」
それはあり得ませんね。違反者講習は、更新時に受ける講習ではありません。違反運転者講習と勘違いしているのでしょう。
「今年 免許の更新の通知が来たんですが また 違反者講習を受けるようになってました」
「１つの違反で 二回に渡り違反者講習を受ける事になるのでしょうか？」
更新時に、過去5年間の違反歴を見て、講習の種別を決めます。質問者さんは過去5年間に、そのシートベルトの違反とは別の違反があり、複数回の違反があるとして、前回に引き続き今回の更新でも、違反運転者講習の対象になっているのでしょう。

免許証の更新区分は過去5年間の違反履歴で決まります。
今回の更新でも過去の違反から4年しか経ってないので、
再びカウントされたという事です。
３年後の更新時にようやくカウントされなくなります。

過去５年間が基準ですから・・・今回も残念ですが。あなたは免許取得して何年ですか？前回がブルーの三年だったのですよね。今回の更新ハガキは「ブルーの何年の免許」となっていますか？