原付免許を取得してから初心者運転期間中に原付免許で違反点数を越

原付免許を取得してから初心者運転期間中に原付免許で
違反点数を越してしまい、初心者講習にも再試験にも行かずに3ヶ月以上経ったのですが原付の免許を再取得するにはどうし
たらよいですか
？
未だに手元に免許証がある状態なのですが、何か手続きが必要なのでしょうか？

警察に出向くなりしてちゃんと反省して来てください。今後について教えてくれますから。

今は手元に免許があるので、
再取得はできません。
・初心者講習を受講しない
・再試験も受験していない
という場合は、
お書きになられている通りで
原付免許は取消しです。
ですが、取消し処分執行の流れは、
・意見の聴取の通知
（義務ではないので行く意味なし）
↓
・無視（いかない）
↓
・警察本部や免許センターへの呼び出し
↓
・無視できないので行く。
↓
・そこで免許取消し処分執行
となります。
これは、かかるときは何ヶ月もかかります。
なので、とにかく免許取消し処分の通知
をまつしかありません。
取り消し処分までは今ある原付免許は
もちろん有効です。
免許を取り消された場合、
翌日以降から免許再取得可能です。
その場合の再取得方法は、
以前原付免許を取得した方法と同じです。
イチからやり直しですが、
学科試験と原付講習と適正検査のみです。
なお、ご存知かもしれないことですが、
以下は注意事項です。
初心者期間というものは、
×：最初に免許を取得してから１年
ではありません。
~：初心者期間は今後免許を取得する
たびに１年間設定される
~：初心者期間は２輪・４輪別に設定される
ということになります。
なので、今後400ccまでのバイクに乗れる
「普通２輪免許」を取得するとか、
乗用車に乗れる「普通免許」を取得すると、
また１年間の初心者期間がスタートします。
そして、
・初心者期間中に
・初心者となる車輌での違反が３~４点になると
・初心者となる免許の
・初心運転講習の対象になる
ということになります。
原付の再試験は「学科のみ」ですが、
上の免許の再試験は「学科+技能」もしくは、
「技能のみ」ということになります。
この再試験の技能試験に１回で合格することは
まず不可能です。
つまり、
・原付免許の上の免許の場合
・再試験合格が困難なので
・初心者講習を受講しないと
・ほぼ確実に初心者となる免許が取り消される
ということです。
原付免許は１回で学科試験に合格すれば、
１万弱で取得可能です。
ですが、今後取得する上位の免許は、
２０万とか３５万の教習費用をつかって
取得する免許です。
なので、今後上の免許で初心者講習の対象に
なることになった場合、必ず期限内に
初心者講習を受講されるようにしてください。
長くなりましたが以上です。

原付免許を取得してから初心者運転期間中に原付免許で違反点数を越してしまい、初心者講習にも再試験にも行かずに3ヶ月以上経ったのですが原付の免許を再取得するにはどうしたらよいですか ？

意見の聴取通知書は届きましたか？
再試験を不受験にすると、原付免許は取消処分を受けることになりますが、再試験を受けることができなかったやむを得ない理由の有無を確認する意見の聴取が実施されなければ、取消処分が決定しません。
まだ、意見の聴取通知書が届いていなかったり、届いているが、記載されている実施日になっていないという場合は、取消処分が決定していません。
現在の運転免許証で運転は継続し、意見の聴取が実施されるのを待ってください。
既に、意見の聴取が実施されている場合は、取消処分が決定していますから、まず取消処分を受けに行ってください。
初心の取消処分に欠格期間はありませんので、処分を済ませば、翌日以降、いつでも再取得ができます。
なお、取消処分が決定しているかどうかに関係なく、実際に取消処分を受けに行って運転免許証の返納を行うまでは、免許の効力が有効ですので、運転はできます。（処分が決定した時点で運転不可になる訳ではない）
処分が決まっていなければ、そのまま運転を継続して処分が決まるのを待ち、処分が決まっていれば、なるべく早く処分を済ませて、再取得をしてくださいということになります。