先日普通免許の合宿から帰ってきて、残りは本免の学科のみとなりました。そこで私は

先日普通免許の合宿から帰ってきて、残りは本免の学科のみとなりました。そこで私は原付の免許証を持っています。しかし、本免を受けるまでに原付免許証の有効期間を過ぎてしまいます。(しばらく平日休みがなさそう
なので)この場合は、原付の更新をしなければいけないということですよね？

原付の有効期限をどれだけ過ぎてるのかにもよりますが…
６ヶ月以内であれば、うっかり失効で更新手続きをすればOKです。
でも、原付免許が失効しても
普通免許の試験に合格すれば、記載されなくとも、講習を受ければ乗れますよ^ ^
現状、有効期限が切れているので原付で試験場に行かないでくださいね(^^;;
無免許運転になってしまうので

原付免許が失効しても、本籍記載の住民票の写しを用意して、新規で本免学科試験を受けて免許証の交付を受けることはできます。
ただし、新しい免許証に原付の表記はなくなってしまいますし、再びグリーン帯の免許証となります。
また、原付免許を取得してから無事故無違反を継続している場合など（今年の誕生日の41日前の日以前の過去2年間が無事故無違反でOK）は、更新手続きを行って原付免許を継続しておき、今後も無事故無違反を継続すれば、普通免許取得後、初めての更新手続きでゴールド免許の交付を受けることができます。
原付免許を失効させれば、普通免許の取得から継続した免許期間の起算が新たに始まりますから、ゴールド免許は2回目の更新になります。