車両総重量10.9t、最大積載量6.8tのトラック TRUCKがあったらこれは、

車両総重量10.9t、最大積載量6.8tのトラック TRUCKがあったらこれは、大型自動車になりますよね？(´･Д･)」
積載量を6.5t未満に抑えれば中型免許でも乗れると言ってる人が知り合いにいますが、積荷の状態で考えるのではなく車検証を見て判断するんですよね？

その通りですね。
積み荷の量で決めてしまうと、極端な話トレーラーに荷物を積まない状態（積載量0）で普通免許の人が運転するようなこともなきにしもあらずですので。

新中型免許は、車両総重量７.５トン超から１１トン未満までだから、お友達の言うとおり３００キロ超のウェイトを搭載するとか改造をして、最大積載量を減らす構造変更すれば運転可能。
ただし、車検証上は大型トラックだから、高速の料金は大型車。

実際の積み荷の量ではなく、最大積載量（目いっぱい積んだときの量）です。
それをもとに「車両総重量」も決まってきます。
定員についても、30人以上であれば大型になりますが、45人乗りの大型バスに3人しか乗っていなくても、大型免許が必要なことと同じです。

経験したことはありませんが恐らくは車検証の数字で判断されると思います。なのでその知り合いの話は真に受けないほうが宜しいかと思います。どうしても中型免許でそのトラックに乗りたいのであれば何らかの方法で最大積載量を減らす改造が必要だと思います。具体的には荷室の容積を減らす改造をするとか(総重量が11t超えない範囲で）ですかね。この辺は艤装メーカーの方が知識有りそうですから自分で考えるよりは任せてしまったほうが確実です。

総重量で判断します。

その通りです、6.8ｔ車に6ｔしか積んでいなくても
乗車定員50人乗りのバスに20人しか乗っていなくても
大型免許が必要です。
6.8ｔ車を改造して、6.4ｔにする事は可能です。