免許証を失くしたと思って再発行し、後から見つかった場合って犯罪になるんです

免許証を失くしたと思って再発行し、後から見つかった場合って犯罪になるんですか？

外で落とした場合だけでなく、家の中でどこかわからなくなってしまった場合も再交付手続きができます。
ただし、再交付で交付される運転免許証は末尾に1を加えた新しい番号となりますから、見つかる可能性がある場合はよく探してからの手続きをお勧めします。
運転免許証番号を見ただけで、紛失したことがあるかどうかがわかります。
再交付申請の際、「2通持つことは禁止されている」「発見したときはすみやかに返納しなければならない」ということを知っていますという誓約欄に署名をすることになります。
見つかった運転免許証を警察署等へすみやかに返しに行けば、罪にはあたりません。

別にその事自体は犯罪にはならない。
無くしたと思った物が後から出てきた（奥に仕舞い込んでいた）とか普通にあります。
古い免許証については、無くしたと思ったけど出てきたと言って返納するのが正しい手順ですが、切り刻んで捨てちゃっても良いと思います。
末尾の番号が違うから、「２枚あるから予備として使おう」と言うのはダメですよ。

免許証を失くしたと思って再発行し、後から見つかった場合って犯罪になるんですか？

免許証番号が変更されています
悪用すれば
違反に該当

運転免許証の取得は一人一通です。２枚持っていれば立派な犯罪です。
さっさと切り刻んで捨てりゃいいだろ。

「失くした」が嘘でなければ、別に犯罪にはなりません。
犯罪に問われるのは、例えば校則で免許取得が禁止されている学校の生徒が、無断で免許を取得したことが学校にバレで免許証を取り上げられている時に、免許証を紛失した、と言って再交付を受けた場合ですね。無くしていないのに、不正な方法で免許を受けた事になります。

犯罪として成立する要件がありません。見つかった旧免許証を処分すればいいだけのことです。