普通免許教習で、二輪免許を持っていると、学科教習の時間が短縮さ

普通免許教習で、二輪免許を持っていると、学科教習の時間が短縮されたり
費用が安くなったりしますけど、原付2種は二輪免許に含まれますか、
それとも対象外ですか。

原付と小型特殊を除いて、一種運転免許の学科試験は共通で、いずれかの免許を受けていれば、他の免許を受験する際の学科試験は免除されます。自動二輪の免許があれば、普通自動車の学科試験は免除されますので、教習所の学科教習は2時間だけとなり、仮免学科試験もなく、技能教習も数時間短くなります。
「原付2種」と言う免許は存在しません。それは道路運送車両法の分類です。125cc以下の二輪車は道交法では小型自動二輪車と言い、普通自動二輪車の一部です。これを運転できる免許は「普通自動二輪免許」ですので、小型限定つきであっても持っていれば、普通自動車を受験する際は学科試験免除になります。

原付2種って免許はありません。存在しない免許はもちろん対象外です。

原付二種＝普通二輪小型限定も二輪免許とみなされます。
普通免許教習の学科教習の時短の対象になります。

原付二種って免許は無いですよ。
あるのは普通自動二輪小型限定免許。
いちおう、自動二輪の免許を持っていることになっているはずでは？