普通運転免許を持っているのですが、今から小型特殊免許を取得すると、

普通運転免許を持っているのですが、今から小型特殊免許を取得すると、今持っている免許証に追記されるのでしょうか？それとも別に小型特殊免許証が発行されるのでしょうか？

小型特殊免許または原付免許から普通免許の順で取得すれば運転免許証に併記できますが、逆はできません。
普通免許自体が小型特殊や原付を運転できる上位免許のためです。

普通免許をすでに取得されている方は小型特殊免許は取得出来ません。

普通車免許を所持していれば、「小型特殊」には乗れますよ。取得は不要ですね。