免許証を紛失した場合警察に遺失届を出したらもう悪用されること

免許証を紛失した場合警察に遺失届を出したらもう悪用されることはないでしょうか？
他に対策はありますか？

悪用されるかされないかは不明です。
でも、警察に届出ていれば悪用されても責任を負うことは免れると思いますよ！

遺失届を出しても、紛失した運転免許証が無効になることはありませんので、再交付手続きを行ってください。
再交付手続きを行うことで、新しい番号で運転免許証が交付され、紛失したものの番号が無効になります。
悪用を完全に防ぐことはできませんが、仮に巻き込まれたとしても、再交付を受けていれば、「悪用されたのは紛失した免許証で、既に遺失届を出して再交付を受けています」とはっきり言えます。
また、番号が無効になっていれば、交通違反の取締りでのなりすましもされなくなります。（滅多にない）
悪用をできるだけ防ぎたい場合は、CIC、JICC、全銀協へ紛失情報の申告を行ってください。
https://www.zenginkyo.or.jp/pcic/
全銀協→本人申告の手続き
https://www.cic.co.jp/
CIC→本人確認書類の紛失・盗難
https://www.jicc.co.jp/
JICC→本人確認書類の紛失・盗難の場合

遺失届と悪用はほとんど関係ありません。
他人が身分証として悪用するとしても遺失届は何の役にもたちません。
実際の例として、
他人の免許証でサラ金からお金を借りた事件がありましたが、
「顔写真での本人確認をサラ金側が怠った」
として免許の持ち主には責任がかからなかった、というのがありました。