免許の一発試験で、免許証を後日警察署で交付される免許が多いですけどその間、

免許の一発試験で、免許証を後日警察署で交付される免許が多いですけど
その間、免許証って手元にないんですか。

新規取得なら、免許証の交付を受けるまで、免許証が手元に無いのは当たり前ですね。
併記（既に何かの免許を持っていて、新たな車種の免許を受ける場合）であれば、新たな免許証の交付を受けるまで、手持ちの免許証はそのまま使え、交付の時に交換です。無論、新しい免許証になるまでに、併記する車種を運転したら、無免許運転です。
後日交付になるのは、取得時講習を受けないと交付されない場合と、窓口に免許証の発行機械が無い場合ですね。原付や離島だと後者で、いわゆる一発試験が前者になります。

取得時講習の関係では？
流れのままに進めると本免実技合格後にプリント渡されて、県内に有る取得時講習やってる教習所に電話で予約取って受講後に免許交付となる。
講習は基本２日間だし、教習所で免許証を交付する分けにも行かないから受講後に警察署に出向く事になる。
仮免実技→本免実技(都道府県により受講可能期間に違いがある)等の間に特定教習受けちゃえば、実技合格後当日中に免許証を持って帰れる試験場が多い。
特定教習の場合実施教習所(届出校)により料金に差があるが、おおむね取得時講習の倍近い金額。
その代わり都道府県内限定縛りは無いし、教習時間も１日で済む所も多い。
隣県含め受講可能な施設や金額を事前に調べて、好みの所を見つけて受講しちゃうのが良いでしょう。

後日交付って自分で言ってるのに、なぜ「手元にある」って思うんだろう・・・その思考が怖い。

無いですよ。
まだ登録もされていない。