自動車学校の入校式で行われる写真撮影って眼鏡していても裸眼で

自動車学校の入校式で行われる写真撮影って眼鏡していても裸眼でもどっちでも問題ないですか？

問題ないです。
本人確認の首実検ですから、後のコンタクト化や眼鏡のデザインの変更で印象が大きく左右される眼鏡装着済みより、外した方が良いくらい。
試験場では写真撮影時の眼鏡反射による失敗を恐れてか、外す事を推奨している場合も。
とはいえ所詮仮免と教習所の控え、本免受験の申請用紙に使う写真ですから、免許証に採用されたりして後々まで質問者さんの目に触れる事はない。
眼鏡装着で撮っちゃったなら、それでも良いです。

メガネをかけずに行って問題なければ運転する際メガネをかける条件がなくなるのでメガネをかけずに試してみたら良いかもしれません。

どちらでも構いません。