現在は殆どの自動車がAT(オートマチック)車で、MT車(限定なし)は廃止の方向

現在は殆どの自動車がAT(オートマチック)車で、MT車(限定なし)は廃止の
方向に進んでいるのですか？
それを考えると、運転免許の取得のため教習所へ通うのにMT車(限定なし)
を選ぶのは、あまり意味がないのでしょうか？

一時期はすごい勢いでMT設定が無くなっていきましたけど、現在は横ばいか若干増加です。
最初はATしかラインナップしていなかったけど、数カ月後にMTを追加したような車種もありますよ。
今はMTを充実させているマツダも、一時期はスポーツモデルにしかMTを用意していませんでしたし(国内)。
必要性なんてものは基準次第ですけど、限定無しなら途中でAT教習もあるので両方学べますし、もし最終的に限定解除することになるなら最初から限定無しで取得しておいた方が、練習時間やコスト面で有利です。

世の中からＭＴ車が無くなれば 廃止も有り得ますが
なくならなければ廃止はあり得ないです

「限定付き」だけが残って本来の免許が廃止になるとかあり得ないと思う。
目が悪い人が多くなって「眼鏡等使用」が増えたからと言って普通の免許が廃止され、目が悪くない人まで眼鏡を掛けなきゃ運転出来ないとかあり得ないし。

廃止の方向に進むのなら、準備期間も含めて数年前に公示されます。
その数年間に一切MT車に関わることはない。という人はいるはずですから、あなたが判断すればいいことです。

完全に廃止になることはあり得ないね。

まだまだ貨物車大型車は無理です
電池に関するブレイクスルーがおきない限り
廃止の方向なんてまったく進んでません