普通自動車のMT(限定なし)は、AT(限定)に比べ操作がかなり難しく、

普通自動車のMT(限定なし)は、AT(限定)に比べ操作がかなり難しく、
運転免許を取得して乗りこなせるようになるまで、ATよりも時間が
かかるのでしょうか？

人により差はあれ、ATより時間がかかるのは確かですね。
免許取得したレベルでは「とりあえず問題なく動かせる」状態であって、「乗りこなせているか？」とは違うでしょう。路上教習では通らなかったような急坂や峠道に混雑する通勤路など経験を積む必要はあり、自動車学校卒業レベルにプラスアルファは必要です。
ただし。
以前はAT限定免許などなく（ちょっと表現が悪いですが）田舎のじいちゃん・ばあちゃんでもMTの軽トラで農道を走り回ってるんですから、難しいとかいくらやっても出来ないって事はないんですがね。
なんか初めから「かまえ過ぎ」な感じがします。
確かにATよりは「アクセルの踏み加減にクラッチペダルの踏み加減」など、自転車に乗る練習のごとく「体で覚えなきゃいけない部分」が少なからずあるのは確かなんですが。

ハンドリングは、慣れだからなんとかなるけれど、
クラッチ操作とブレーキ操作が、難しいと感じるでしょう。
特にクラッチ操作が面倒ですから。
だから、日本で急激にAT車が普及したのです。

う~ん、どうなんでしょうね
ある年代より上はATでは取ってません。つまり女性もすべてMTで取ってます。それでも補習なんてやってる人はマレでしたよ。

ATよりも時間がかかるのでしょうか？ ・左足クラッチ操作さえ、覚えれば、同じではないでしょうか

そうだね！実際MTは人の感覚的な感じが問われます

そうですね。技能教習の時間がAT限定より3時間多いですからね。
＞運転免許を取得して乗りこなせるようになるまで
乗りこなせないと運転免許の取得は出来ません。