中型免許で総重量１１トン以上のトラック TRUCKを運転した場合、無免許

中型免許で総重量１１トン以上のトラック TRUCKを運転した場合、無免許運転になると思います。この場合会社や元請と荷主にはどんな罰則を受けますか？（例えば6トン車に7トンの砂利など重量のよくわからないものを積んでい
て総重量１１トン超えていたような場合で事故など起こして初めて違反が発覚したような時などです。）

一義的には 積載量の管理は運転手が
行うべき物ですので 運転手には
反則切符が交付されます
会社・荷主については 過積載の指示を
していた場合 道路交通法（過積載幇助）
及び 労働安全衛生法に抵触するのでは
ないでしょか

＞中型免許で総重量１１トン以上のトラックを運転した場合、無免許運転になると思います。
その通りです。（大型免許の区分ですから）
＞重量のよくわからないものを積んでいて総重量１１トン超えていたような場合・・
免許で言う「総重量」というのは積み荷の重さではありません。
車両重量＋乗車定員＋積載量（車検証に総重量として記入してある）ですから7トン積もうが10トン積もうが、それで11トンをオーバーしても大型免許扱い（無免許）にはなりません。
あくまでも過積載として検挙されるだけです。
免許センターの人は貴方の質問がよく理解されなかったので間違った回答をしたんだと思いますよ。

その論理だと
6トン車でも無積載ならせいぜい2トン
普通免許で運転できるかい？

それは積載オーバー

それはただの「過積載」です。
無免許運転ではありません。
免許センターの人も、あなたの言いたいことが正しく伝わらずに回答した可能性が非常に高いです。

中型車に10t以上の荷物を積んで総重量が20tになってもただの「過積載」です。
「無免許運転」にはなりません、、、。