免許更新時に持参した写真を使えるそうですが、服を着ていない写真で

免許更新時に持参した写真を使えるそうですが、服を着ていない写真でも構いませんか？
裸体のほうが免許証写真としては適切ですよね？

その通りです。いいと思います。
ぜひ試してみて下さい。そしてどのような結果になったかを教えて下さい。

あなたの住所地を管轄する都道府県の警察のホームページで、運転免許証に使用できる写真の基準が公開されているので、確認しましょう。例えば宮城県では「裸に見える」写真は受け付けて貰えません。
宮城県警察 運転免許証の写真
http://www.police.pref.miyagi.jp/hp/menkyo/menkyo_syasin.html