いまMTをとるために車校行ってるんですが、MTはATより教習時間が長く

いまMTをとるために車校行ってるんですが、MTはATより教習時間が長く、ATに変えようとおもっています。そこで、質問なんですが、
ATを、取ったとして、その後MT乗りたいってなって、MTを取ろうかしたら、またお金を払わなきゃいけないのでしょうか？補足いくらぐらいでしょうか？

普通自動車免許の技能教習は３４時間です。
普通自動車AT限定免許の技能教習は３１時間です。
その他に学科教習が２６時間あります。
その差が教習途中で限定免許に格下げするほどの理由には思えません。
限定免許から通常の免許に格上げする事を限定解除と言います。
教習所で限定解除する場合は４時間の技能教習と限定解除審査が必要になります。
４時間と言うのは制度上の最少単位であり実際に４時間で審査までたどり着ける人は少ないです。
限定解除審査に落ちると一時間の補習を挟んで再検定です。（同日不可）
単純に考えれば 普通免許程度でこんなに遠回りする人もいないと思いますよ。
自転車もろくに乗れない女の子が普通に取れるのが普通自動車免許です。

技能教習は1時間当たり 4～5000円
限定解除審査は 5～6000円/一回
普通免許は普通に取る方が早いし安いですよ。
もし 限定免許に格下げする理由がたった３時間の技能教習の差ではなく 技量的な問題なら 将来的にも限定解除は難しいと思います。
とりあえず限定免許を取得して実際に運転していれば（AT車）突然マニュアル車を運転できるようになる事は絶対にないし AT車の運転なんて劣化する事はあっても進化することは無いです。

もちろん。

最初に限定無しで取れば、AT限定との金額差は2万前後、時間数は3時間程度ですが、AT限定を取り後から限定解除をした場合は6万、時間数は4～5時間程度と倍近いコストと労力が発生します。
余程の下手くそなら、その選択肢もありですが、そのままストレートに限定無しを取るのが無難です！

免許センターの1発試験を受ける場合は約3000円程度、指定自動車学校で行う場合は、4~6日程度の審査、教習で5万円前後ってとこです。
ただ、指定された期間内で審査に合格しないと1時間ごとに追加料金はかかりますけどね。
自分も思いますけど、後から限定解除するかもしれないってなら、今頑張っておいたほうが絶対いいとは思いますよ。

限定解除は最短４時間５～６万円です

既に通っているなら、そして時間数だけの問題なら、そのままAT限定なしで続けたほうがいいですよ。AT限定の有無で時間数が変わるのは第一段階の技能教習で、2段階は限定に関係なく19時間です。それに、これまで受けた第一段階の技能教習のうちAT限定に関係ないものは無効になりますから、期待するほど時間が短くなるとは限りません。
一旦AT限定に変えて卒業し、試験場で運転免許を取得し、そのあとでAT限定を解除することは可能ですが、指定教習所の限定解除コースは最低4時間、実際は倍の8時間くらいの教習になり、費用も4～6万円はかかります。