小型特殊車両は普通免許が上位免許なので運転できますが、ＡＴ限定の場合、ＭＴや３

小型特殊車両は普通免許が上位免許なので運転できますが、ＡＴ限定の場合、ＭＴや３.５トン超の小型特殊車両も運転できますか。

「運転」だけならAT限定普通免許でMT3.5トン超の小特車輌を運転する資格があります。
もちろん、各種作業においてはそれぞれに資格が必要な場合が。
他、AT限定普通免許でMT原付自転車も乗れます。
(実際に運転できる技能があるかまで責任持てませんが)

原付免許と小型特殊自動車免許には、技能試験がありません。技能の限定条件が存在しないのです。よって、上位の普通自動車免許をAT限定で取得した人でも、原付や小型特殊自動車を運転する時には、AT限定は関係ありません。運転免許証にも、AT限定の人には「普通車はATに限る」と言う記載がされていますよね。あくまで限られるのは普通車です。
小型特殊自動車には重量の制限がないので、仮に総重量3.5t以上の車両があっても、普通自動車免許で運転できます。もっとも、既定の寸法に収まる小型特殊自動車なら、総重量が3.5tに達することは無いでしょうね。あと、あくまで登録済みの車両を公道で運転する場合に免許が必要だと言う話で、無登録車両は行動の走行自体が不可能です。
それと、車両法上の小型特殊自動車として緑の自治体ナンバーをつけていても、道交法上は大型特殊自動車免許が必要な「新小型特殊自動車」と言うべき車両がありますので、注意が必要です。

小型特殊や原付には、「AT限定」の設定がありません。
普通免許等でAT限定であっても、小型特殊の原付のMTに乗ることは可能です。
特殊車両には重量の規定はありません。ただし、大きさや最高速度により普通免許では運転が不可の場合があります。
道路交通法上の「小型特殊自動車」の要件は、以下のようになっています。
全長:4.7m以下
全幅:1.7m以下
全高:ヘッドガード高さ2.8m以下でヘッドガードを除いた部分は2.0m以下
最高速度:15km/h以下
重量は無制限ですが、上記項目の１つでもオーバーすると大型特殊自動車となります。逆にいうと、上記項目のすべてを満たす特殊自動車なら、重量が3.5トンを越えていても現行の普通免許でも運転が可能です。
農耕用車両で、道路運送車両法上の「小型特殊自動車※」であっても、大きさなどにより、道路交通法上は「大型特殊自動車」となる場合があるので、その辺は注意が必要です。
※農耕用車両は、大きさや重量に関係なく、最高速度35km/ｈ以下を条件に「小型特殊自動車」となり、税制上の優遇を受けられる代わり、自動車専用道路では走行できません。
特殊自動車
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%89%B9%E6%AE%8A%E8%87%AA%E5%8B%95%E8%BB%8A
オートマチック限定免許＃限定の対象
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%88%E3%83%9E%E3%83%81%E3%83%83%E3%82%AF%E9%99%90%E5%AE%9A%E5%85%8D%E8%A8%B1#%E9%99%90%E5%AE%9A%E3%81%AE%E5%AF%BE%E8%B1%A1