今、修了検定(仮免の見極め)は終わり、後は仮免学科試験だけな

今、修了検定(仮免の見極め)は終わり、後は仮免学科試験だけなのですが、この仮免の期限を過ぎたらどうなるのでしょうか？

みきわめの後に修了検定ですよ。同日に行い修検に合格したら仮免学科試験を受けれます。両方合格で仮免許が取得できます。
修検に合格してて、学科試験だけ落ちたor別の日にやるとかなら、検定合格後3ヶ月以内に学科試験に合格しないと修了検定からやり直しです。
教習期限9ヶ月と仮免許の有効期限6ヶ月、教習中にどちらを切らしても良いことは全くありませんよ。

見極めと修了検定は別ですよ。
仮免許は6ヶ月しか有効ではありませんので、もし過ぎたら修了検定→仮免許試験のやり直しです。有効な仮免許証がないと、二段階の教習や卒業検定は受けられません。
なお、手持ちの仮免許証が、その教習所で受験し取得したものでない場合は、教習所で仮免許試験を再実施することはできないので、運転免許試験場で受けなおす事になります。

受けなおし（教習期限9か月内で）