原付の免許の初心者期間は終わっていて、6月ごろに一点点数を引かれ

原付の免許の初心者期間は終わっていて、6月ごろに一点点数を引かれました。その後新たに自動二輪車(中型)を取りました。自動二輪の初心者期間が始まって2点取られた時合計で3点になるので初心
者講習を受けないといけないのでしょうか？

初心者講習は、車種（免許毎）です。
普通二輪の初心者講習まで１点あります。
でも、３点で初心者講習の対象となっても、上位免許の大型二輪免許を取得すれば、普通二輪の初心者講習は免除になります。

普通二輪の初心者講習の対象は普通二輪による違反のみ。原付の違反は対象ではありません。あなたの初心者講習の対象点数は２点です。
しかし、違反点数が３点有ることに変わりはありません。あと３点で免停です。
それから、点数は引かれるもの、加えられるものではありません。加えられるもの、貰うものです。６点貰ったら免停。１５点貰ったら免許取り消しです。